Susunan organisasi Kantor Kementerian Agama Kabupaten Sidoarjo terdiri atas:
a. Subbagian Tata Usaha;
b. Seksi Pendidikan Madrasah;
c. Seksi Pendidikan Diniyah dan Pondok Pesantren;
d. Seksi Pendidikan Agama Islam;
e. Seksi Penyelenggaraan Haji dan Umrah;
f. Seksi Bimbingan Masyarakat Islam;
g. Penyelenggara Zakat dan Wakaf;
h. Penyelenggara Kristen;
i. Penyelenggara Katolik; dan
j. Kelompok Jabatan Fungsional.
*Sesuai PMA no. 19 Tahun 2019 Pasal 583