
Dalam melaksanakan tugas dan fungsi di Kantor Kementerian Agama Kabupaten Sidoarjo dibantu unit kerja Sub. Bagian Tata Usaha, Seksi Pendidikan Agama Islam, Seksi Pendidikan Diniyah dan Pondok Pesantren, Seksi Pendidikan Madrasah, Seksi Penyelenggaraan Haji dan Umrah, Seksi Bimbingan Masyarakat Islam, Penyelenggara Zakat Wakaf, Penyelenggara Bimbingan Masyarakat Kristen dan Penyelenggara Bimbingan Masyarakat Katolik.
Disamping struktur organisasi Kantor Kementerian Agama Kabupaten Sidoarjo sebagaimana terurai di atas, juga membawahi 18 KUA kecamatan antara lain : Sidoarjo, Candi, Tanggulangin, Jabon, Porong, Krembung, Tulangan, Prambon, Tarik, Balongbendo, Sukodono, Wonoayu, Krian, Waru, Taman, Sedati, Gedangan, dan Buduran.
Pada tahun 2024 terdapat Madrasah Ibtidaiyah Negeri yang pengelolaan anggarannya di marger dengan Kantor Kementerian Agama Kabupaten Sidoarjo, sehingga bukan menjadi Satuan Kerja lagi yaitu MIN 1 Sidoarjo di Kecamatan Buduran, MIN 2 Sidoarjo di Kecamatan Sedati.
*Sesuai PMA no. 19 Tahun 2019 Pasal 550